אקו פארק משמש כמתווך בין חלקו העירוני לצידו הטבעי ומייצר מסדרון אקולוגי חשוב שנועד לשמר את בעלי החיים והצמחייה שמתקיימת בתוכו ובשמורת הטבע הגובלת לו מדרום. בנוסף, בריכת החורף, גוף מים עונתי המקבלים את מימיהם מהגשמים, היא מקום גידולם של יצורים חיים וצמחיה אשר ייחודית לה. בעבר, מישור החוף הישראלי התהדר במגוון בריכות חורף כאלה, והייבוש שלהן היה חלק משמעותי מהאתוס של בניית הארץ. עם ההתיישבות בארץ והרחבת הבניה החל תהליך מואץ אשר גרם לייבוש והריסה של בריכות החורף בישראל. וכתוצאה מכך נשארו כיום בריכות ספורות.
באקו פארק בכל חורף מתמלאת לה הבריכה בצורתה הטבעית, והיא הינה בין הבודדות באזור. בבריכה ניכרים השפעות אקולוגיות ייחודיות על סוגי חיים שונים, בה מתקיימת מערכת מגוונת הכוללת בעלי חיים ימיים נדירים וצמחיה ייחודית. החשיבות האקולוגית של בריכת החורף גבוהה באזור והיא מהווה מרכיב הכרחי לבעלי חיים אשר נמצאים בסכנת הכחדה ולצמחיה הייחודית לה.
המערכת האקולוגית בפארק מספקת חוויה ייחודית של שמירה וקיימות. הפארק משקיע בשיטות ידידותיות לסביבה ובמערכות בנייה מתקדמות לפתרונות ניהול אקולוגי. במקום ישנו את האגם המלאכותי הגדול ביותר בישראל נכון להיום, המים באגם נקיים ומסוננים באמצעות מערכת מתקדמת אשר שומרת על איכות המים והופכת את המתחם למקום בילוי בעל חוויה איכותית ומיוחדת עבור כל המבקרים.
המערכת האקולוגית באגם ובבריכת החורף היא לא רק חלק מהסביבה, אלא גם נתיב לשיפור איכות הסביבה המקיפה. במסגרת השמירה והגנה על האקולוגיה, הפארק מספק חוויות ייחודיות ומשמש כמנוף לשיפור איכות הסביבה בשכונת אגמים ובעיר אשקלון.
